Ja, det låter som att det är duplicate som ställer till det. Om man trycket Alt-D så får man en kopia av objektet som refererar till samma mesh-data (så om du går in i Edit mode och börjar dra i vertexarna på ett fönster så händer samma på alla andra). Genom att kopiera med Ctrl-D istället för man en fullständig kopia som även gör en kopia på mesh-datat.
Jag brukar använda Alt-D ibland, men åker då på detta problem när man ska exportera om man glömmer att fixa det när man modellerat klart och ska exportera.
Har för mig att det löser sig genom att man markerar alla objekt och kör Objects>Relations>Make single user och väljer Object Data.
