Är inte helt hundra på att jag förstod vad du menar, men gör ett försök i alla fall, så får du se om jag tolkade det rätt!
Om det vita, tidigare gula, fältet du vill ha bort ligger i fönstrets textur så borde du kunna lösa det genom att göra det helt genomskinligt, dvs genom att måla med helt svårt färg i alphan där du klurat ut att det gula fältet befinner sig. Det lät som att vagnen har en TGA för fönstren med färgen och en separat gråskale-BMP med alphan. I sådana fall ska du måla svart i BMP:n där du såg att det var gult i TGA:n, så kommer det att bli helt genomskinligt.