Eftersom du aktivt jobbar och använder båda simulatorerna, så är du nog i en position där du faktiskt själv har bäst bedömmningsgrund för vilken simulator du bör bygga i. Ingen annan än du själv kan avgöra vilka parametrar du uppskattar mest. Och, ytterst är det ju ett arbete som ska tillfredställa dig själv i första hand...
Man kan å ena sidan anföra att msts är ju nu väldigt gammal och är kanske inget att satsa på... Men, då nya simulatorer på gång, som kommer att ärva MSTS-materialet, så det är ändå inget hinder för att välja msts, om du nu skulle finna det vara bra för dina planer. (vilket jag inte propagerar för, valet är ditt...)
I övrigt vill jag inte lägga in för o nackdelar, det är som med de flesta verktygen, man ska glädjas över dess goda egenskaper inte irritera sig på de dåliga... Och vad som är goda eller dåliga egenskaper är nog till stor del beroende på dina egna uppfattningar.